有孔虫スライド
有孔虫スライドを作っていた日本の会社がなくなってしまった。
海外ではどこの会社のスライドがいいのか、一昨年度の山形大での微化石研究集会MRC NOMでスライドを集めた。
こっちにきてから、アメリカのスライドの会社を教えてもらった。
http://www.lakeside-products.com/
特に、分厚めのスライドはあまり見ないので買っておこうと思う。
普通のスライドだと高さが足りない大型の有孔虫や、fish teethなどにいいと思う、ということだった。
AnalySeries > QAnalySeries
AnalySeries は周期解析や日射量をダウンロードできたりするとても便利なツール。
なんといってもシンプルで重くなくて、使い方が簡単。waveletをやるのでなければ、これで事足りる。
しかし、Mac OS (32-bit)でしか動かない。最新のOS Mojavaまでは大丈夫だが、この先のOSでは32 bitがサポートされないことをAppleが宣言している。
ドイツのMARUM のグループが64 bit でも動くようにAnalySeriesと同じファンクションを維持したままでQAnalySeriesというツールを新しく開発したらしい（今年のAGUのアブスト）。
どうせなら、LR04やいくつかのsealevelカーブも組み込んでくれたらより便利でいいなと思った。
AGU abstract for a new AnalySeries.
https://agu.confex.com/agu/fm18/meetingapp.cgi/Paper/349843
周期解析
NASAのサイト
https://exoplanetarchive.ipac.caltech.edu/docs/tools.html
このサイトで、等間隔でない時系列データのPeriodgramができる。
https://exoplanetarchive.ipac.caltech.edu/cgi-bin/Pgram/nph-pgram
つまり、古気候古海洋の時系列データ（多くは等間隔ではない）をそのまま入れてPeriodgramできる。
Algorithm で、Lomb-Scargleを選択。
いくつか試したが、originalのage modelと、等間隔にresample したものでは周期解析結果が若干異なる。もちろん、主要な周期はキープされているが。
Wavelet, Wavelet Coherence
MATLABでWavelet解析ツールはいくつかあるようだが、私はこれを使っている。
以下のウェブから、ツールボックスをダウンロードできる。
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Aslak Grinsted, John Moore and Svetlana Jevrejeva
Cross wavelet and wavelet coherence toolbox for MATLAB
[Website of the toolbox](http://grinsted.github.io/wavelet-coherence/)
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Reference:
Grinsted, A., J. C. Moore, S. Jevrejeva (2004), Application of the cross wavelet transform and wavelet coherence to geophysical time series, Nonlin. Process. Geophys., 11, 561566 [link](http://www.glaciology.net/Home/PDFs/Announcements/Application-of-the-cross-wavelet-transform-and-wavelet-coherence-to-geophysical-time-series-)
PSU Solver
PSU Solverは、有孔虫のMg/Caとd18Oから塩分を考慮した式を使って、水温、塩分、d18Owの最適解を求めるコード。
MATLABで動く。
塩分の影響がそれほど大きくないところだと、慣習的な水温のみのMg/Ca換算式で十分かもしれないが、塩分の変化幅が大きな河口付近等では威力を発揮する。
sealevel correctionも同時に行えるので、それだけでも便利だと思う。
いちいち自分で時系列をresampleしてsealevelカーブで補正するのも一手間であるので。
V2からは、塩分を入れていない式でも動くようになっている。Mg/Caがないときは、TEX86, Uk'37でも大丈夫なのではないかと思う。
webでコードが探せないときは、作成者本人にメールすれば送ってもらえる。
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PSU Solver:
This code uses foraminiferal Mg/Ca and d18O and uses a bootstrap Monte Carlo procedure to solve for seawater d18O & temperature and also provides estimates of propagated uncertainty. For more information read reference below.
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CITATION: Thirumalai, K., Quinn, T. M. & Marino, G. (2016),
Constraining past seawater \delta^{18}O and temperature records
developed from foraminiferal geochemistry_, Paleoceanography, 31, doi: https://goo.gl/p8x5tk
netCDFの編集
netCDFの編集ソフト。なかなか便利でした。
http://nco.sourceforge.net/
上記サイトからの抜粋
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What is NCO?
The netCDF Operators (NCO) comprise about a dozen standalone, command-line programs that take netCDF, HDF, and/or DAP files as input, then operate (e.g., derive new fields, compute statistics, print, hyperslab, manipulate metadata, regrid) and output the results to screen or files in text, binary, or netCDF formats. NCO aids analysis of gridded and unstructured scientific data. The shell-command style of NCO allows users to manipulate and analyze files interactively, or with expressive scripts that avoid some overhead of higher-level programming environments.
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気候データをダウンロードしたあと、自分がほしい領域、年代、季節等を抽出するときのツール。
最初はMATLABでどうにかnetCDFの編集を試みたが、なかなかうまくいかなかった。
ターミナルで動かすが、いくつかのコマンドで簡単に編集できてとても便利。
以下、コマンド一覧。
http://nco.sourceforge.net/nco_rfr_crd.pdf
数年後にはリンクがいきていないかもしれないけど、役立ちそうなリンク
http://research.jisao.washington.edu/data/nco/
